发酵过程一旦染菌，其危害轻者抑制抗生素的生产，改变发酵液的理化性质，增加过滤和提取过程的难度，使得发酵水平、收率水平和成品质量下降；重者可以使产生菌生长代谢出现异常， 降解产物，直接导致整个发酵罐颗粒无收，甚至污染到其他发酵罐。
空气除菌不彻底是发酵染菌的主要原因之一
比如一个通气量为 40m3/h 的发酵罐, 一天所需要的空气量高达 960m3, 假如所用的空气中含菌量 104个/m3, 那么一天将有 9.6×106个微生物细胞进入发酵系统, 这么多杂菌的带入, 完全可导致发酵失败。
防止染菌的措施
设备方面：
要求发酵罐及其附属设备应做到无渗漏，无死角。凡与物料、空气、下水道连接的管件都应保证；
严密不漏，蛇形管和夹套应定期试漏；
空气净化系统方面：提高空气进口的空气洁净度，除尽压缩空气中夹带的油和水，保持过滤介质的除菌效率；
定期检查更换空气过滤器过滤介质，使用过程中要经常排放油水。
工艺方面：
放罐后要进行全面检查清洗。（清理罐内残渣，去除罐壁上的污垢等。）
空罐灭菌时要排尽罐内空气，灭菌时保持蒸汽通畅，保证灭菌彻底。
实罐灭菌时要防止原料结块。
进入发酵罐的物料要保证无菌。
严格按照操作规程执行。
新型常温非高温高压发酵灭菌技术，高效环保低成本解决发酵过程染菌问题，基于进口消毒剂抑菌剂，确保发酵过程的无菌状态，有助于防止微生物污染，保证发酵产品的安全和可靠性。
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常温且安全，所以不改变产品本身质量、口味和颜色；
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