正常的柠檬酸发酵培养基中除发酵菌株黑曲霉外粘染其他微生物，称为染菌。
柠檬酸发酵染菌原因：
柠檬酸发酵过程中由于培养基的特性和通风培养，发酵液容易起泡，严重时会出现漫罐，尤其在黑曲霉生长的对数期，黑曲霉代谢旺盛， 一般每隔几分钟就要加一次消泡剂。消泡剂需要在发酵培养过程中加入，因此消泡剂和相关的管道如果灭菌不彻底，很容易造成发酵染菌。
柠檬酸为好氧发酵，发酵过程中需要持续通风，保证发酵液中的溶氧能够满足黑曲霉生长需要。因此压缩空气需要经过过滤除菌后通入发酵罐，过滤器安装使用不当或使用前灭菌不彻底都会造成发酵染菌。
柠檬酸发酵过程中产生大量的热量，发酵罐一般采用内置盘管，使用循环水进行发酵温度控制， 由于消罐产生振动，在使用过程中，循环水的盘管焊缝会出现开焊或渗漏，造成循环水进入发酵液， 进而污染发酵液，造成发酵染菌。
另外柠檬酸发酵采用培养基实消，培养基中的蛋白质等有机物在受热条件下容易变性结垢，而且发酵罐内盘管、搅拌、检测探头等部件较多，结垢容易附着在这些部件上，如果不能及时清理，结垢会滋生杂菌，且结垢包夹可能导致蒸汽加热灭菌不彻底，造成发酵染菌。
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