洁净厂房的建筑布局上一般在厂房外设置一环形密封走廊，它使洁净区与外界有了一个缓冲地带，能够防止外界污染同时也相对节能；厂房内门窗宜于内墙面平整，不设置窗台，外窗的层数设置和结构形式要充分考虑对空气水分的密封，使污染粒子不易从外部渗入。为防止室内外温差而产生结露，室内不同洁净度的房间之间的门窗缝隙要密封；门窗材料应选择耐侯性好、自然变形小、制造误差小、气密性好、造型要简单、不易积尘、便于清扫，门框不设门槛；外墙上的窗宜与内墙面平整，窗台呈斜角或不留窗台，且为双层固定窗以减少能量损失。
地面应用平整、无缝隙、耐磨耐腐蚀、不易集聚静电的、便于清理的整体地面；环氧自流坪地面，它是一种树脂类复合材料地坪，它的特点是无溶剂、无味、无接缝、自流找平，可以达到镜面装饰效果、无缝连接，具有防静电、发尘小、耐磨耐冲击等特点。洁净厂房为了保证室内清洁，所有送风管、灯具须布置在技术夹层里，现在大多数企业采用彩钢夹心板密封吊顶；彩钢夹心板具有重量轻、整体强度大、整体性好、保温隔热发尘小等特点，比较适用于生产洁净厂房，但是吊顶的固定必须与结构主体相连，不能与设备、管线支架混用；吊顶与墙面要光滑连接，吊顶与送回风管口要可靠封闭，吊顶安装完成后要进行灯检，保证无缝隙；根据工艺要求，一般在技术夹层内应设置检修走道，便于管道的检修和更换过滤器，技术夹层的墙面与天棚需刷涂料饰面。厂房对空气的温度、湿度洁净度要求较高,要根据工艺要求，生产洁净度级别合理选用建筑材料。
