第一次加曲搅拌后要进行“收堆”发酵，即将酒糟堆成一个两米多高的圆锥。发酵时间需要酿酒师依据温度灵活掌握，堆子的内部先开始发热，然后传递到外面。这期间酒糟充分吸纳外围空气中的微生物。茅台型酒讲究高温发酵，一般外层温度达到五六十摄氏度才结束这一环节，酿酒师把手插进堆子，依据烫手的程度进行判断。当取出的酒醅具有香甜酒味时，即可入窖发酵。
酱香酒酿造的三高之一：高温堆积，说的就是这个环节。
高温堆积发酵工序是茅台酒的独创，是工艺的核心。是糟醅充分利用环境中的微生物进行“二次制曲”的过程。
茅台酒高温大曲的曲糖化力低，并且几乎没有酵母菌。在堆积过程中，糖化酶的含量逐步增大，酵母菌数明显增多，达到每克数千万至上亿个。而且参与发酵的微生物体系与大曲发酵的微生物体系有较大的差异，尤其是产酒酵母都是在堆积过程中富集的。
通过高温堆积，微生物在消长过程中相互利用，以达到代谢产物具备酱香突出，幽雅细腻、酒体醇和、回味悠长的目的。堆积发酵的质量直接影响酒的产质量。堆积发酵好，酒的产质量好；堆积发酵不好，酒的产质量不好。
5.2入窖发酵
“开放式发酵”完成后，把酒糟铲入窖坑进行封存，即开始“封闭式发酵”。把酒曲铲入窖坑进行封存——进入“窖期”。窖坑有3～4米深，能装15～20甑的酒糟。
三、糙沙
大概一个月后，窖坑打开，开始“二次投料”，酱香型白酒生产的第二次投料称为糙沙,即按照1∶1的比例，加入新的高粱，继续上甑蒸煮。摊凉后加入曲药，收堆发酵，然后重新下窖。(这部分流程和前面部分类似）
前两次蒸煮原料都不取酒，只为增加发酵时间，裹挟更多微生物。
四、取酒
1个月后，开始第3次蒸煮，这时时间已到了岁末年初，这才开始第一次取酒。
然后，在进行摊凉、加曲、收堆、下窖、蒸煮和取酒的流程，如此周而复始，每月一次，直至第七次酒取完后，共进行9次蒸煮(包括前两次不取酒的蒸煮)，7次取酒，时间已经到了第二年的8月，酒厂才开始“丢糟”。（翻沙酒就是用这个时候的酒糟加上新的高粱和曲药，酿出来的）
五、储存
刚烤出来的轮次酒，具有刺激感，经过长期贮存后，口味变的醇和、柔顺、酱香也更加突出。贮存越久，茅台酒的酒体越柔顺，香气越幽雅。
每一次出来的酒，香味并不相同，茅台酒分3种酒体：酱香、醇甜和窖底。第三至五次出的酒好，称为“大回酒”，第六次得到的酒为“小回酒”，第七次的酒为“追糟酒”。其中三、四、五次出的酒好喝，一、二次酸涩辛辣，后一次发焦发苦。但每一次的都有用处，出厂的就必须经过不同批次酒之间的勾兑。
第一年进行“盘勾”，就是按照酱味、醇甜、窖底三种味道进行合并同类项，然后再存放3年。
