客户将鲜奶整体储存在鲜奶储存罐中，此鲜奶储存罐通过压缩机降温，具有低温保存作用，需要杀菌时，开启连接储存罐与8并联立式巴氏杀菌罐的离心奶泵，通过350#导热油或热水进行过滤杀菌，杀菌用时为2-2.5小时左右，杀菌温度为85°。杀菌完成后，通过奶泵打入过滤器中进行二次过滤，过滤完成后，将巴氏奶打入均质机中均质。均质完成后，开启离心奶泵，将巴氏奶打入预冷罐中，预冷罐是使用冷水进行降温，降温时间为1-1.5小时左右，一般降温到45°以下才能打入压缩机制冷的冷藏罐中，否则对奶的品质和设备使用寿命都有影响。降温完成后，开启连接预冷罐与冷藏罐的离心奶泵，将巴氏奶打入冷藏罐进行储藏。
国际上通用的巴氏高温杀菌法主要有两种：
一种是将牛奶加热到62~65℃，保持30分钟。采用这一方法，可消灭牛奶中各种生长型致病菌，杀菌效率可达97.3%~99.9%，经杀菌后残留的只是部分嗜热菌及耐热性菌以及芽孢等，但这些细菌多数是乳酸菌，乳酸菌不但对人无害反而有益健康。
第二种方法将牛奶加热到75~90℃，保温15~16秒，其杀菌时间更短，工作效率更高。但杀菌的基本原则是，能将病原菌消灭即可，温度太高反而会有较多的营养损失。
要为牛奶的一种杀菌法，既可消灭对健康有害的病原菌又可使乳质尽量少发生变化。也就是根据对耐高温性极强的结核菌热致死曲线和乳质中最易受热影响的奶油分离性热破坏曲线的差异原理，在低温下长时间或高温下短时间进行加热处理的一种方法。其中，在60℃以下加热30分钟的方式，作为低温杀菌的标准，早为世界广泛采用。利用高温处理，虽对乳质多少有些影响，但可增强杀菌效果，这种方法称为高温杀菌（sterilization），也就是在95℃以上加热20分钟。巴氏杀菌法除牛奶之外，也可应用于发酵产品。
