高企认定政策中企业委托外部研究开发费用的发生金额应按照独立交易原则确定。认定过程中， 按照委托外部研究开发费用发生额的80％计入研发费用总额。而加计扣除政策要求受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，由委托方按照规定计算加计扣除，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。此项规定给以委托开发项目为主的企业， 或研发项目中有委托开发形式的企业带来了不便。例如上海某通讯公司，申报项目中有一部分是委外项目，由于加计扣除政策对委托开发费有特殊的要求，需要一份确认函及受托方的费用明细。这对采购人员就造成了一定的难度，因为受托方知道委托方能享受加计扣除政策后，要求重新谈价格。即使受托方财务部门人员提供了费用明细，委托方也无法确认提供的数据的真实性。所以，该公司的第三方委托无法进行。
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