采用水肥一体化技术施用水溶肥，给农业生产带来很多便利，但使用不好也会带来灾难，必须严格施肥时间和肥料用量。
施肥时间浇水施肥时，水的温度尽量与地温和气温接近，并且不要大水漫灌。冬季大棚浇水，尽量在上午浇水；夏季尽量选择在下午或傍晚浇水。如果不用滴管的话，尽量小水勤浇。大水漫灌容易造成土壤板结，根系呼吸受阻，影响养分吸收，并且容易烂根、死棵。推广“垄上栽培”有利于作物高产。
肥料用量只有科学施肥才能获得理想的产量和品质。科学施肥不仅仅在于养分配方、质量，还要用量科学。一般来讲，陆地蔬菜使用50%含量的水溶肥，亩用量在5公斤左右，另加水溶性有机质腐植酸、氨基酸、甲壳素等0.5公斤左右，除了增加氮磷钾营养元素之外，还能提高作物抗病能力、抗旱能力、抗寒能力，减少缺素症的发生。
以黄瓜、番茄这类蔬菜作物为例，黄瓜和番茄都是不断开花、结果、采收的作物，根据测试，每生产1000公斤黄瓜大约需要氮3公斤1公斤、氧化钾2.5公斤、氧化钙1.5公斤、氧化镁0.5公斤。黄瓜、番茄等作物前期营养生长氮肥用量大一些，开花时不能缺少磷和硼，结果期要增加钾和钙的用量，中后期注意补充镁肥。也就是说，整个生育期要做到养分平衡。
在掌握养分平衡的情况下，还要注意水溶性有机质的配合使用，包括使用二氧化碳气肥。
避免直接冲施，要采取二次稀释。水溶肥比一般复合肥养分含量高，用量相对较少，直接冲施极易造成烧苗伤根、苗小苗弱等现象，二次稀释不仅利于肥料施用均匀，还可以提高肥料利用率。
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