微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变性，使细菌失去营养、繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细菌结构功能絮乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，决定细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA），是由若干氢键松驰、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体 嘁畸变，甚至断裂。
微波烘干杀菌是一体设备。
微波烘干无需多说，技术简单也好理解。主要说说杀菌这部分，微波杀菌是一种物理杀菌方法，在不需要任何添加剂的情况下，可快速杀灭细菌、霉菌、大肠杆菌和虫卵等有害人体的微生物。
就是因微波可快速工作、所需时间短，因而在杀灭微生物的同时，不会对食物产生任何残留放射物质，按全无害，可很大程度地保留食物的色香味及营养成分，使食物不放防腐剂也可延长货架期。
微波杀菌设备一经上市，很多食品加工企业应用了该设备后，很满意它的先进功能。一台设备可同时烘干、杀菌、熟化、加热等，大大优于传统的食品加工方式，因而被受惠的企业越发重视了，已逐渐迈入食品行业的生产车间。
微波杀菌设备可广泛用于果酒、饮品、液体、烤鸭、烤鸡、卤肉制品、豆制品、肉脯、盐水鸭、风味鸡、牛肉干、风味熟食、水产品、凤爪、鸡翅、等真空包装食品的杀菌处理，还可作为粉状食品杀菌机、瓶装产品杀菌机等使用。
