微波能量的热效应：在一定强度的微波场作用下，食物中的昆虫和细菌会吸收微波能量并由于分子极化而变热，从而使其蛋白质退化并失去其海洋生物活性。微波的热效应主要用以迅速加热和杀菌。
微波能量的非热效应：高频电场还会变动膜电位和极性分子构造，使微生物中的蛋白质和生理活性物质时有发生突变并丧失活力或死亡，它起着特别的作用。常规物理灭菌所从未的灭菌方法，也是细菌死亡的缘故之一。
微波杀菌和保留是微波热效应和非热效应相结合的结果，因此，微波杀菌的温度小于常规方法。一般而言，常规方法的灭菌温度为120℃至130℃，时间约为1小时，而微波灭菌温度仅为70℃至105℃，时间约为90至180秒。
