微波加热杀菌机是通过特殊热和非热效应杀菌，与常规热力杀菌比较，能在比较低的温度和较短的时间获得所需的消毒杀菌效果。微波加热杀菌设备是利用这个原理进行加热，使物料升温，运用温度上升使物料中的细菌受温度影响破坏细胞，终止细菌再生或繁殖。微波加热杀菌机杀菌时间短、加热快、是现代化绿色食品企业较受欢迎的一种设备。
微波加热杀菌机是微波杀菌机中的小型杀菌机，微波加热杀菌设备比较紧凑和简单化，体积小，使用起来比较方便，流水线生产，适合大批量生产作业。其适用于学校或科研单、食品生化研究、食品研究所、食品科学试验的模拟测试试验型设备；更适合企业规模化生产、大批量作业、或是食品行业加热、杀菌；如包装食品、休闲食品、果脯、肉类、坚果、调味料等产品加热与杀菌。
常规热力杀菌往往在环境及设备上存在热损失，而微波是直接对食品进行作用处理，因而没有额外的热能损耗。该设备一般可节电30-50％。由于微波具有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部都同时受到作用，所以消毒杀菌均匀、彻底。保持食品风味，缩短处理时间，使食品内部营养不流失，保证口感和风味。
