高效空气过滤器(HEPA过滤器) 仍然是生物安全实验室空气污染防护的主要手段。尽管HEPA过滤器的滤菌效率接近100％，由于用在生物安全实验室，被捕集在HEPA过滤器表面的病原微生物，有存活和增殖的可能性，依然存在泄漏扩散和表面污染扩散的风险，所以生物安全实验室通风系统过滤器HEPA应原位消毒灭菌后进行检漏或维护操作。
鉴于HEPA过滤器有泄漏和表面病原微生物存活、增殖的风险，WHO《实验室生物安全手册》 (第3版)要求高等级生物安全实验室所有的HEPA过滤器必须按照可以进行气体消毒和检测 的方式安装。我国标准GB 19489—2008《实验室生物安全通用要求》也规定高等级生物安全实验室应可以在原位对排风HEPA过滤器进行消毒灭菌和检漏。
HEPA过滤器的原位消毒
国外对HEPA过滤器的消毒主要采用气体熏蒸方法。由于气体“无孔不入”，可同时消毒管道，容易进行消毒效果验证。
对HEPA过滤器原位消毒一般采用气体局部循环消毒法或实验室气体整体循环消毒法。
气体局部循环消毒法主要适用于箱式HEPA过滤器单元，HEPA过滤器单元在过滤器上游及下游的合适位置处配备熏蒸消毒接口，气体熏蒸消毒时，关闭箱体两端的生物型密闭阀，将气体消毒装置连接于熏蒸消毒接口，打开熏蒸消毒接口，启动气体消毒装置和循环风机，在循环风机的作用下，气体消毒剂穿透HEPA过滤器，在箱体内往复循环，从而实现对过滤器及箱体内部的彻底消毒。生物型密闭阀是GB 19489—2008《实验室生物安全通用要求》提出的一个新术语，根据该标准的理解与实施，之所以被称为生物型密闭阀，是因为其主要发挥保证生物安全的隔离作用。
实验室气体整体循环消毒HEPA过滤器的实现方式为：在实验室消毒区域的送风总管和排风总管之间安装一消毒旁路，同时在送、排风管道的关键位置安装生物型密闭阀(消毒区域送风总管、排风总管、消毒旁路等位置)。
实验室气体整体循环消毒时，在实验室消毒区域内通过消毒剂发生器释放气体消毒剂，气体消毒剂在消毒风机的作用下，穿透送、排风HEPA过滤器，在实验室消毒区域内往复循环，从而实现对送、排风HEPA过滤器及通风管道的彻底消毒。 实验室气体整体循环消毒HEPA过滤器的优点在于一次可对消毒区域所有送、排风HEPA过滤器进行原位消毒．
实验室送排风系统HEPA过滤器消毒
室外箱式HEPA过滤器单元
该类HEPA过滤器单元一般安装于实验室顶部的设备层或实验室旁的设备间，故可称为室外箱式HEPA过滤器单元。箱式HEPA过滤器单元一般采用气体局部循环消毒法对HEPA过滤器进行原位消毒。
室内HEPA过滤器单元
该类设备由于安装在室内，过滤器消毒、检漏和更换需在实验室内进行，为确保安全．过滤器检漏和更换必须在原位对HEPA过滤器可靠消毒后进行。
HEPA过滤器进行原位消毒存在的问题
1) 消毒区域空间大。气体消毒剂的浓度难以稳定控制；
2) 对HEPA过滤器进行原位消毒的同时也对实验室消毒区域的整体空间进行了消毒，有的气体消毒剂会影响实验室内的仪器设备，如在温、湿度不适宜的情况下，多聚甲醛气体会凝聚成白色粉末。
目前，国内外主要应用的气体消毒剂有甲醛、气体二氧化氯和气化过氧化氢。
甲醛消毒效果好，经济性好，缺点是毒性大、不环保、需要中和、消毒程序相对复杂、有残留物。
二氧化氯消毒效果虽好，但由于一般设备制备的气体二氧化氯中往往含有酸性气体，对实验室及仪器设备腐蚀较大，也限制了该方法的使用。
过氧化氢灭菌作为替代甲醛空间大环境灭菌得到飞速发展，在实验室、制药企业、科研院所、医院、动物房、目前已经逐步推广开来，过氧化氢灭菌作为洁净区空间灭菌一种主要的方式，已经在国外发展应用数十年历史，其中欧菲姆提出的“干雾过氧化氢消毒方式”简单易用效果显著。
欧菲姆干雾过氧化氢灭菌设备使用低浓度的消毒剂达到高水平的消毒效果，对设备、墙壁、地面及工具没有腐蚀性，是新一代的生态环保型消毒技术。使用过程中无色、无刺激气味，无毒无残留，杀孢子剂杀灭微生物以后完全分解为氧气和水，剩余的杀孢子剂大部分会随着通风系统排走，只有极少量逗留在洁净区里，由于杀孢子剂具有自我降解的功能，在环境中的杀孢子剂会自我分解为氧气和水，是一种无残留的灭菌技术。
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