黑曲霉是重要的发酵工业菌种，是木聚糖酶、酸性蛋白酶、纤维素酶、植酸酶、果胶酶、葡萄糖氧化酶、柠檬酸等的主要生产菌种；黑曲霉含有针对植物学原料的几乎全套的分解酶，是自然界分解能力强大的微生物，由黑曲霉生产的酶制剂产品对自然界的许多天然底物都有显着的降解作用。黑曲霉是国际公认的安全有益的微生物，广泛用于生产生物饲料添加剂，并可作为有益微生物直接用于饲料中。在中国和美国公布的饲料添加剂目录中，都将黑曲霉列入可饲用的微生物名录中，在美国FDA公布的可以直接饲喂的微生物菌种目录中，黑曲霉排名一。因此，黑曲霉是一种产酶丰富，绿色安全的饲料添加剂类产品。
黑曲霉用途广泛，可应用于饲料、肥料、腐熟剂等：
1、黑曲霉在发酵饲料方面的应用：
（1）黑曲霉含有针对植物学原料的几乎全套的分解酶，包括淀粉酶，糖化酶，脂肪酶，蛋白酶，纤维素酶，木聚糖酶，葡聚糖酶，甘露聚糖酶等，对植物性原料能够进行全面协同的分解。经过分解处理的植物性原料，其营养成分大量释放，能为其他所需要培养的分解能力弱的微生物提供充足和必需的养分。酵母、乳酸菌等缺乏利用淀粉、大分子蛋白质、木聚糖、纤维素、葡聚糖等的能力，含有上述成分的原料不能高效生产酵母菌和乳酸菌，而经过黑曲霉产生的系列酶处理后，淀粉被分解为可发酵的葡萄糖，蛋白质被分解为小分子的肽或氨基酸，木聚糖被分解为木糖，葡聚糖、纤维素等被分解为葡萄糖单体，成为酵母菌和乳酸菌容易吸收转化的营养，这样可以大大提高发酵饲料的营养水平和消化吸收率。
（2）提高动物的抗病力。黑曲霉既是酶制剂，又是活菌制剂；本品所含的微生物直接参与动物肠道的屏障作用，补充动物肠道有益微生物的数量，通过生物竞争机制阻止病原微生物的定植和生长繁殖。恢复和维护动物肠道的微生态平衡，从而提高动物的免疫力和抗病能力。
（3）提高饲料的适口性，显着增加食欲。
2、黑曲霉在秸秆腐熟、生物肥发酵、菌肥方面的应用：
（1）在生物肥料方面的应用主要是作为解磷真菌使用。由于黑曲霉在发酵生长过程中，产生大量草酸和柠檬酸等多种有机酸和植酸酶等多种酶，从而使有机磷和无机磷得以溶解并被作物吸收利用。
（2）黑曲霉能裂解大分子有机物和难溶无机物，便于作物吸收利用，改善土壤结构，增强土壤肥力，提高作物产量的效果。这样发酵出来的有机肥才会更安全，肥效也会更好。
（3）黑曲霉发酵过程中会产生大量有益代谢产物，能促进其它益生菌生长，从而达到土壤微生态平衡，起到抗病促长的作用。
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