茅台酒高温大曲的曲糖化力低，并且几乎没有酵母菌。在堆积过程中，糖化酶的含量逐步增大，酵母菌数明显增多，达到每克数千万至上亿个。而且参与发酵的微生物体系与大曲发酵的微生物体系有较大的差异，尤其是产酒酵母都是在堆积过程中富集的。
通过高温堆积，微生物在消长过程中相互利用，以达到代谢产物具备酱香突出，幽雅细腻、酒体醇和、回味悠长的目的。堆积发酵的质量直接影响酒的产质量。堆积发酵好，酒的产质量好；堆积发酵不好，酒的产质量不好。
5.2入窖发酵
“开放式发酵”完成后，把酒糟铲入窖坑进行封存，即开始“封闭式发酵”。把酒曲铲入窖坑进行封存——进入“窖期”。窖坑有3～4米深，能装15～20甑的酒糟。
三、糙沙
大概一个月后，窖坑打开，开始“二次投料”，酱香型白酒生产的第二次投料称为糙沙,即按照1∶1的比例，加入新的高粱，继续上甑蒸煮。摊凉后加入曲药，收堆发酵，然后重新下窖。(这部分流程和前面部分类似）
前两次蒸煮原料都不取酒，只为增加发酵时间，裹挟更多微生物。
四、取酒
1个月后，开始第3次蒸煮，这时时间已到了岁末年初，这才开始第一次取酒。
然后，在进行摊凉、加曲、收堆、下窖、蒸煮和取酒的流程，如此周而复始，每月一次，直至第七次酒取完后，共进行9次蒸煮(包括前两次不取酒的蒸煮)，7次取酒，时间已经到了第二年的8月，酒厂才开始“丢糟”。（翻沙酒就是用这个时候的酒糟加上新的高粱和曲药，酿出来的）
五、储存
刚烤出来的轮次酒，具有刺激感，经过长期贮存后，口味变的醇和、柔顺、酱香也更加突出。贮存越久，茅台酒的酒体越柔顺，香气越幽雅。
每一次出来的酒，香味并不相同，茅台酒分3种酒体：酱香、醇甜和窖底。第三至五次出的酒好，称为“大回酒”，第六次得到的酒为“小回酒”，第七次的酒为“追糟酒”。其中三、四、五次出的酒好喝，一、二次酸涩辛辣，后一次发焦发苦。但每一次的都有用处，出厂的就必须经过不同批次酒之间的勾兑。
第一年进行“盘勾”，就是按照酱味、醇甜、窖底三种味道进行合并同类项，然后再存放3年。
六、勾兑与调味
3年后，按照酒体要求进行“勾兑”，即用几种基酒甚至几十种基酒，按照不同的比例勾兑出一种酒，形成一定的口味、口感和香气效果。勾兑一直是酿酒过程中比较神秘的工序，勾酒师凭借自己的味觉进行搭配，如同五行相克一般，把不同轮次的酒调在一起，寻找味道之间的平衡与层次感。
“勾兑”完成之后，七、勾调后储存
勾兑调味之后，酒还要分批次继续存放半年到一年，之后才能灌瓶出厂。出厂日期和勾兑批次，比如茅台酒，看到的每一瓶茅台酒瓶冒上的头两行数字就是这个原因。一项工作是“调味”，一般用到调味酒（往往是年份老的酒）来进行味道的微调。
七、勾调后储存
勾兑调味之后，酒还要分批次继续存放半年到一年，之后才能灌瓶出厂。出厂日期和勾兑批次，比如茅台酒，看到的每一瓶茅台酒瓶冒上的头两行数字就是这个原因。
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