过去果园施用基肥都在冬季进行，而现在却提倡在秋季进行，尤其在柑橘产区几乎成了基肥施用惯例。果园深翻扩穴是随着果树根系不断向外扩展，而将原定植穴的范围逐年扩大。具体方法是每年围绕树体开挖深、宽各为50-60厘米的环形沟或称条沟（沟长视施入基肥量而定）。沟里分层埋入有机质肥料。以柑橘园为例，深翻扩穴的时间在6月雨季结束后至10月均可进行，而以9月为蕞适宜。因为此时期柑橘地上部分的枝梢生长已逐渐停止，深翻伤根对柑橘生长和结果影响较小。10月柑橘的根有一个生长高峰，9月深翻时受伤或被挖断的根可很快愈合并促发很多新的须根。雨季不宜深翻扩穴，因为扩穴后易积水，造成根腐烂，引起落花落果。扩穴不宜太晚，否则上根后不宜恢复，冬季容易受冻。幼龄果园全园的土壤经过一次深翻埋有机肥后（3年左右），每年仍需在果树的行、株间轮换位置开沟或开穴深施有机肥。以不从被消耗的有机质，并可不断促发新根。深翻扩穴一定要结合施入有机质肥料，否则收不到改良深层土壤（根系分布区）的效果。在田间具体操作时应特别注意每年扩穴的部位，使之逐年挖通，沟与沟之间不能留隔墙，每年扩穴以打破隔墙见到老的细根为准，否则新根很难向外扩展生长。
