荧光染料的亮度可以用来比较不同荧光染料的荧光标记效果，通过阴性细胞群与阳性细胞群的荧光信号之间的关系来表示。但阴性细胞群的荧光信号受到信号强度、自发荧光、非特异性染色、仪器的电子噪声等多个因素相关。
荧光染料染色指数是阳性细胞群的平均荧光强度与阴性细胞群的平均荧光强度之差与阴性细胞群荧光强度标准差之间比值的一半。荧光染料染色系数只和抗体克隆与质量、荧光团纯度与质量、荧光修饰比、激光线及其功率、长通和带通滤光片、目的细胞等因素相关。
荧光染料的染色指数与荧光染料的亮度呈正相关，也就是荧光染料亮度越高，染色系数也就高。按染料性质及应用方法分
不溶性偶氮染料 活性染料 还原染料 可溶性还原染料 硫化染料 硫化还原染料 酞菁染料 氧化染料 缩聚染料 分散染料 酸性染料 酸性媒介及酸性含媒染料 碱性
活性染料：又称反应性染料。这类染料是50年代才发展起来的新型染料。它的分子结构中含有一个或一个以上的活性基团，在适当条件下，能够与纤维发生化学反应，形成共价键结合。它可以用于棉、麻、丝、毛、粘纤、锦纶、维纶等多种纺织品的染色。
硫化染料：这类染料大部分不溶于水和有机溶剂，但能溶解在硫化碱溶液中，溶解后可以直接染着纤维。但也因染液碱性太强，不适宜于染蛋白质纤维。这类染料色谱较齐，价格低廉，色牢度较好，但色光不鲜艳。
分散染料：这类染料在水中溶解度很低，颗粒很细，在染液中呈分散体，属于非离子型染料，主要用于涤纶的染色，其染色牢度较高。
酸性染料：这类染料具有水溶性，大都含有磺酸基、羧基等水溶性基因。可在酸性、弱酸性或中性介质中直接上染蛋白质纤维，但湿处理牢度较差。
