基肥，也就是我们常说的底肥。因为生物菌肥的用量少，单施不易施匀，覆土之前易受阳光照射影响效果，有风天又会发生被风吹跑的问题。因此，用做基肥时，在施用有机肥条件下，应将生物菌肥与有机肥按的比例混匀，用水喷湿后遮盖，堆腐3—5天，中间翻捣一次后施用。施用时要均匀施于垄沟内，然后起垄;如不施用有机肥，以1千克生物肥拌30-50千克稍湿润的细土，均匀施于垄沟内，然后即起垄覆土。在水田或旱田也可均匀撒施于地表，然后立即耙入土中，不能长时间暴露在阳光下曝晒。
种肥，用生物菌肥做种肥，刨埯后将拌有细土的生物菌肥施于埯中，再点种;机播时可将拌有细土或有机肥的菌肥放入施肥箱中，使开沟、施菌肥、播种、覆土、镇压等作业一次性完成。施用菌肥做口肥，要注意与化肥分开用。
.拌种，先将种子表面用水或用豆浆、红糖水喷湿，然后将种子放入元和绿宝生物有机肥中搅拌，使种子表面均匀粘满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。切忌一点，拌种后不要长时间放置，更不要直接在阳光下暴晒，虽然多孢菌菌肥所能承受的温度要高于一般的菌肥，但是也会有所损害的。
蘸根，各种作物苗木在移栽之前，先将元和绿宝生物有机肥加一些细土，再对适量水搅拌成糊状泥浆，移栽时，将作物苗木的根部在泥浆中蘸一蘸，根部粘满生物有机肥的泥浆后，再移栽，移栽完之后，将剩余泥浆加水稀释后浇灌在根部，相当于移栽后的浇水。水渗下后覆土。
灌根，一般使用菌肥的用户用元和绿宝菌肥做追肥时，都是采用灌根施用的方法。具体做法是将1千克元和绿宝生物有机肥加200-300千克水，配成菌肥溶液。在作物根系旁刨坑后，将菌肥溶液浇入坑内，水渗完后覆土。果树追肥时要在根盘外缘挖施肥沟，进行灌根，渗完后即覆土。
喷施，一种用于追肥的施用方法。将元和绿宝生物有机肥先用少量水浸泡4-6小时，然后再加水进行搅拌，搅拌后用较细目布或尼龙纱网布过滤，将滤清液喷施在作物叶背面和果实上。整个生育期中，根据作物生长情况结合作物营养临界期和顶大效应期喷施2-3次。喷施时间在傍晚或无雨的阴天。喷施追肥的方法适用于疏菜和密播作物。喷施有明显增产效果，但效果一般要低于土壤施用效果。以土壤施用与喷施相结合效果更好。
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