我国对菌肥的研究和运用起步较晚，1950 年开始对根瘤菌、抗生菌等多种菌剂进行了全面的研究和运用，从欧美国家引进花生根瘤菌种的同时， 筛选出大豆根瘤菌和紫云英根瘤菌菌株；20 世纪60 年代福建、吉林、江苏等省还就自生固氮菌剂进行多点的肥效研究；70 年代开始小麦等作物根际联合固氮菌的农业运用效果的研究。现在，随着农业生产能力的提高，国内微生物肥料市场越来越活跃，多种微生物肥料涌向市场，其中以固氮解磷解钾、单菌多功能型（如地恩地微生物菌剂）最有代表性。
1896 年欧洲就有了根瘤菌接种剂，后来它的应用一直在发展。世界上许多国家，生产和应用豆科根瘤菌，不仅接种面积不断扩大，而且应用的豆科植物种类繁多。不少国家已逐步认识到加强根瘤菌肥料质量管理的重要性，并制定了相应的标准。
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