水生生态系统是一个维持水质，病原，水生生物之间平衡关系的极为复杂的系统。在探讨水产动物病害发生的原因，对水环境微生物的研究(特别是细菌)时，往往都认为是有害的，微生物生态学和微生态的研究表明水环境和水生生物中存在大量的有益微生物，这些微生物直接影响水质和水产养殖。其实微生物无论从群体还是从个体说，它都是具有两重性，既有致病作用，也有生理作用，致病作用和生理作用是相对的，只有在特殊状态下，才会表现致病作用。
有益微生物对水质净化的作用机理。
益富源水产em菌种中的有益微生物(硝化细菌，光合细菌，硫化细菌，芽孢杆菌等净水微生物)它们的使养殖者在不中断养殖过程的情况下，清除池塘长时间养殖水域底部，尤其是老虾池底积累大量的残余饲料，排泄物，动植物残体以及有害气体(氨，硫化氢等)，使之先分解为小分子(多肽，高极脂肪酸等)，后为更小分子有机物(氨基酸，低极脂肪酸，单糖，环烃等)，最终分解为二氧化碳，硝酸盐，硫酸盐等有效地降低了水中COD，BOD，使水体中的氨氮(NH4-N)与亚硝酸氮(NO2-N)降低，起到了净化水质的作用。且能为单细胞藻类为主的浮游植物的繁殖提供营养物质，促进藻类为主的浮游植物的繁殖，这些藻类为主的浮游植物的光合作用，又为池内底栖动物，水产动物的呼吸，有机物的分解提供氧气，从而形成一个良性的生态循环，有利于水产动物的迅速生长，其主要营养物质循环。同时由于净水微生物的大量繁殖，在池内形成优势种，可抑制病原微生物的繁殖，减少疾病发生。
