符合申请厦门市级高新技术企业备案的公司按照以下流程提交资料：
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各区科技主管部门发布年度申报通知，申报企业向其财税隶属区的科技主管部门提交申请材料。
各区科技主管部门对申报材料进行审核和抽查（可视情况对部分企业进行实地核查），审核通过即完成备案，通过的名单同步在市科技信息网
各区科技主管部门分批次将拟兑现奖励的备案企业名单提交市科技局。市科技局对拟予以奖励的备案企业进行抽查，对存在问题的企业交由各区科技主管部门核实情况并提出处理建议。核查确认其不符合备案条件的，取消其市级高企资格；核查无异议的，在市科技信息网进行公示（5个工作日），公示通过后进入奖励资金拨付环节。
企业申请通过后每个月要上报汇总公司的情况进行备案。
