土壤微生物是生活在土壤中的细菌、真菌、放线菌、藻类的总称。其个体微小，一般以微米或毫微米来计算，数量也很大，1克土壤中就有几亿到几百亿个。其种类和数量随环境及其土层深度的不同而变化。土壤微生物指的是其中的全部，不是专指在某些范围内的特殊微生物。但是在应用时，我们更着重于对作物生长发育更有益的一些种类。下面就对土壤微生物的主要种类及它们与土壤的关系做些介绍：
（1）细菌：细菌适于中性及微酸性的生存条件。一般在20-30℃时会大量繁殖。它通常分为两类，一类称自养细菌，它有同化二氧化碳的能力，所以这个种群的作用是直接影响土壤的理化性质，平衡土壤的酸碱度高低。另一类称异养细菌，这一类细菌通常都是以和作物共生的状态存在，对作物生长有直接促进作用，如豆科植物的根瘤菌等，具强大的固氮作用，产生明显的增产效果。
（2）放线菌、霉菌：在土壤中放线菌是以需氧性异养状态生活，它们的主要活动是分解土壤中的纤维素、木质素和果胶类物质等，通过这些作用来改善土壤的养分状况，便于作物直接吸收利用土壤养分。在酸性的土壤中，以霉菌的活动为主，而在中性和微碱性的土壤中，则是以放线菌的活动为主。加加旺激抗菌968菌肥中的菌种（细黄链霉菌）就属于放线菌。
（3）藻类：藻类为一类单细胞，通常为丝状的微生物。它与高等植物一样有叶绿素，可与碳素同化作用。它的主要作用，通常是可以起固定空气中氮素营养的作用，帮助植物多方式利用各种状态存在的氮素养分。与以上几种菌类不同的是，它更适于在碱性环境下发挥作用，一般说来，酸性的土壤中多以放线菌和霉菌起作用，碱性土壤中就主要靠这些藻类微生物来维持辅助作用了。
土壤微生物大部分对作物生长发育是有益的，它们对土壤的形成发育、物质循环和肥力演变等均有重大影响。对作物来讲是影响其生长发育的重要环境条件之一，其具体作用有：形成土壤结构、分解有机质和矿物质、固氮、调节植物生长、防治土传病害等。而从土壤中分离获得的微生物在农业生产中的应用也相当广泛，已经成为产品的实例不计其数，给人们带来极大的经济效益和社会效益。
微生物肥料：微生物肥料的菌种相当庞大，主要有根瘤菌、固氮菌、放线菌、光合细菌肥料、硅酸盐细菌、微生物生长调节剂等。
根瘤菌是目前使用相当广泛的微生物肥料，根瘤菌可以将环境中的植物不能直接利用的氮元素固定成植物可以利用的氨，以增加氮元素在植物体内的循环效率。这一过程没有任何的环境污染，且利用率相当高，使用过程无氮流失。因此，根瘤菌肥料在农业生产中所发挥的经济效益、生态效益等越来越受到重视。
硅酸盐细菌肥料和解磷细菌肥料能分解土壤中难溶性的硅酸盐和磷等矿物，并把它们转化成易溶性的矿质化合物，帮助植物对这些矿质元素的吸收。
光合细菌肥料可促进植物的光合作用，作为叶面肥已经广泛应用。光合细菌也在渔业中有所应用，以增加鱼塘的养分含量。
微生物生长调节剂主要是一些微生物代谢产生的激素类产品，如生长素、赤霉素等。这类微生物肥料在施用后，可刺激和调控植物的生长，促进植物代谢的作用。
加加旺激抗菌968微生物菌肥中的菌种（细黄链霉菌）属于放线菌。微生物菌肥施入土壤后有益菌很快增殖，形成群体优势分解土壤中被固定的且植物不能吸收利用的磷、钾，并固定空气中游离的氮，供作物吸收利用。
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