首先，增加微生物肥料投入，保证土壤有益微生物的数量。
在目前的蔬菜栽培模式下，土壤有益微生物的数量会越来越少，只有通过投入优质的菌肥产品才能保证土壤有益微生物的数量。市场上优秀的菌肥产品有很多种，功能也较多。通过底施、穴施、蘸盘、冲施等不同的施用方式，在蔬菜生长过程中全程使用可保证土壤微生物的数量优势，不仅能促进植株健壮，同时可保证土壤处于健康状态。
其次，注意土壤环境，创造微生物肥料入土后良好的生存环境。
土壤有益微生物的生存和繁殖需要良好的土壤环境，因此在农业操作中要注意创造有利于土壤微生物生存的土壤条件。土壤的酸碱度不能有较大变化，中性土壤更利于土壤微生物的生存。
菌肥使用时要避开高温强光。菌肥使用后注意补水，生物菌的繁殖尤其是细菌的繁殖离不开水分，所以土壤要保持一定的湿度才能利于生物菌的繁殖扩增，但是要注意土壤不能太湿，如果土壤水分过大就会把其中的氧气挤掉，也会对生物菌的生长不利。菌肥使用后禁止立刻使用杀菌剂。
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