秸秆还田后的地块，尤其是秸秆粉碎质量不好的地块，土壤变得疏松，土壤内部空隙变大，如果镇压措施跟不上，土壤失墒快，影响麦种发芽，导致出苗不整齐，有的麦种落在玉米秸秆上很难发芽，造成缺苗断垄现象的发生；秸秆还田后分解需要吸收一定的氮肥，所以小麦上底肥施用氮肥量不足的，很容易造成小麦出苗后苗黄苗弱现象；另外玉米秸秆上所携带的病菌和虫卵也被一并埋到土壤中，这应该是导致这几年病虫害有加重趋势的主要原因吧。
知道了玉米秸秆还田的弊端，在下一步的生产中一定要采取以下几个方面的措施：一是提高还田质量，选用好的秸秆还田机械，掌握在秸秆粉碎到直径5公分以下为宜；二是小麦底肥上要增加氮肥施用量，每亩增加10-20斤氮肥（依据秸秆量的多少来定）；三是购买正规厂家的包衣种子或购买普通种子后自己进行药剂拌种；四是播后镇压，一般播种机上带有镇压器，但效果不是很好，要么在播种机的镇压器上增加负重，要么播种后再次镇压，使土壤更紧实。
更安全彻底的方法是，将玉米秸秆集中粉碎，加入益富源秸秆降解剂堆积发酵，这样秸秆可以充分腐熟转化为作物能够吸收的有机肥，高温腐熟的过程会杀死秸秆中的虫卵草籽，预防病虫害发生。充分腐熟后再将秸秆分散到田地中，秸秆已经腐烂松软，很容易与土壤结合，同时秸秆降解剂中含有的益生菌，可以改善土壤微生物环境，为作物生长提高良好的生态环境。
