本发明公开了一种收费站收费方法和收费站收费系统，包括：移动通信系统获取开通有自动付费业务的自动付费移动台的身份信息，并将身份信息和收费站信息发送至运营商后台系统；运营商后台系统从预先存储的对应关系表中查询出身份信息对应的车牌号，并将查询出的车牌号发送至对应的收费站管理系统；当车辆进入收费站时，收费站管理系统获取车辆的车牌号，并判断内置的自动付费车牌号表中是否存在车牌号；若存在，则向运营商后台系统发送计费通知；运营商后台系统根据计费通知和车辆当前所处通道的通道类型，执行相应的计费操作，并向对应的收费站管理系统反馈计费操作完成信息；收费站管理系统根据接收到的计费操作完成信息执行放竿通行操作。
