与常规生产相比，在有机蔬菜生产中，根部病虫害发生较轻，而叶片病虫害发生则有的减轻，有的加重。其主要原因可能是有机栽培注重轮作和施用有机肥，控制农药和化肥的施用，减少土壤翻耕，使土壤结构改善、有益微生物和动物增加，有利于对根部病虫害的控制，而叶片病虫害的主要影响因素是气候条件，受土壤的影响较小。有机蔬菜生产中病虫害的防治采用多种方法，其中经常采用的方法有选择作物种类、轮作、通风、园地卫生、合理施肥、选择播种期等，此外还采用间作、套种、合理灌溉、调整收获期、选用抗耐性品种、覆盖、设置保护盘、生物防治、种植填闲作物、建立蛇形篱笆等方法。
