玉米秸秆也可以做非常好的有机肥料使用，利用粪便同时来发酵可以做成生物菌有机肥料，不仅有有机肥的良好肥效，同时含有的生物菌在地里土壤可以调节土壤，多种效果。
一、 利用畜禽粪便发酵有机肥
用鸡粪、猪粪、羊粪等畜禽粪便做原料，水分控制在40%左右，约含 1.6吨左右原料＋5公斤益生菌液＋2-3公斤玉米粉混合拌均倒碎。堆成宽2米、高0.5米、长度不限的条形堆，用旧麻袋片或草帘盖好，一般在24小时内，堆温可升至50℃左右。48小时内，堆温可升至60℃以上，甚至高达70℃以上，这样的温度春、夏、秋季节一般5-7天即可使堆中原料全部腐熟，恶臭消失，原料中的病源菌、虫卵、草籽等全部杀死。用这种方法发酵成的肥料可称为生态有机肥，也可称为无公害有机肥料，这种肥料可直接使用于农作物，也可稍加晾干过筛，装袋作为商品肥销售。
二、 利用作物秸秆等发酵有机肥
用作物秸秆、树叶、杂草、锯末、酒糟、糠醛渣等有机废弃物做原料。先将原料水分控制在70%左右，如原料中水分较少，要用水浇湿浇透，保证水分适当。较长的作物秸秆如玉米秆、高梁杆需进行粉碎，(因原料太长，不便拌种和翻倒。)每1000公斤干基原料用水浇湿浇透后可用5公斤菌液＋1%的豆饼或尿素拌均，撒在原料中翻倒混匀，然后堆成宽2米、高1米长度不限的条形堆，用塑料布盖好即可。经过24小时堆内温度可达50℃左右，48小时温度可上升至70℃左右，经过几天的持续高温，堆温逐步下降，大约二周左右时间，发酵后的原料全部腐熟，原料中的虫卵、草籽及病源菌全被杀死，秸秆变成褐色或黑褐色，堆体比刚堆时塌陷1/3或1/2。发酵后的原料用手握之柔软有弹性，干时很脆，容易破碎。此时秸秆等原料发酵过程全部完成，用这种方法发酵成的有机肥，可直接用于农作物做基肥使用，也可倒碎过筛，装袋作为商品肥出售。
三、 利用畜禽粪便及作物秸秆等废弃物混合发酵有机肥
用畜禽粪便＋作物秸秆等废弃原料，因各种原料复杂，养分含量各有差异。各种畜禽粪便养分含量也不尽相同，这里不能一一列举单项制作方法。如：用作物秸秆等原料发酵为主时，可填加20%左右的畜禽粪便，用畜禽粪便为主做原料时可填加20%左右的秸秆粉，发酵方法同上所述。如果用酸性较大的原料发酵，在发酵时应填加1-3%左右的石灰粉，以调整酸碱度至中性。用此方法发酵好的有机肥适用于各作物、各种土壤，既可自用，也可加工做成商品肥销售。
四、 生物有机肥的制作
以发酵加工后的有机肥料为载体。加入益生菌加工而成的生物有机肥料，是指一种含有益于作物生长的发酵微生物的特定有机肥料，它既具有微生物肥料的功效，又具有有机肥料的作用。应用于农业生产中，具有显著的增产效果。这种肥料制作比较简便。如：利用发酵加工后的干基有机肥料1000公斤，加入的益生菌，经充分混合、翻倒、拌均，加工制成含菌量≥0.2亿至≥2亿/克的生物有机肥料。
