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所谓定制的微商城，就是企业通过与第三方开发公司合作，根据自身需求与自身特色来定制一个切合实际需要的微商城。就好比衣服一样，在视觉效果上看，穿着合身才会比较美观大方。当然，拥有专属的微商城还不仅仅只有美观大方、彰显企业特色这么一个好处。
要说到定制微商城，很多企业首先考虑的都会是费用这一块。将自身开发与寻求第三方开发的费用对比下来，一般第三方开发的费用会比较低一些。毕竟自身开发企业就需要有一定的资开发时间、拥有自己的技术人员、技术人员拥有必要的开发经验、每年交几千块的模板建站平台费用，那么企业在这几个方面耗费的资金就相对较大了。而若是选择第三方公司开发，企业便只要把自身的需求、要求明确之后，开发公司便能将专属的微商城开发出来，并且只需要付一次定制微商城的网站制作费用，之后每年只需支付几百元的空间租赁费。再者，定制版的微商城无权限限制，而有些模板建站平台却限制用户群发信息的数量，超过该限制之后就需要支付额外的费用。这样的费用对比下来，选择定制微商城的费用明显就比较低了。
再从微商城的使用上来看，定制微商城的第二个比较明显的好处便是每个定制版本的微商城有独立的源代码，企业定制之后将永久地拥有网站的知识产权，如果平台在某天某时某刻出现故障等问题，在网站上的数据可以备份，不会被清空。但是自身开发的微商城却无法做到这一点，它依靠的模板建站平台无法给企业提供源代码，存在数据无法备份的危险性。
