巴林石作品的保养首先是防裂纹。风干走水的毛石，如果按着常法加工，受到机械力的冲击后会出现裂纹，再放到水中用水砂纸打磨时也会出现裂纹，这是干燥的石头急剧吸收水分后膨胀的后果。正确处理的方法是：加工前，现将风干走水的毛石埋在略有水气的泥土或细砂中，两三天后换水气更大的泥土或细砂。以此更换五至六次，埋毛石的泥土变成泥状后，再把毛石放在水中泡一周即可实施加工。在加工的过程中，用手工打磨，特别是高档石材应尽量使用冲击性小的工具，还要防止高速转动和摩擦产生热量使巴林石原料出现暗伤裂纹。需要高速机械加工的情况，可以用淋水或增加喷水降温措施，边加工边冲水，也起到了降尘的效果。
加工完成后的巴林石作品要采取上蜡或涂油封闭表层，放在锦盒内保管。在外面陈列的，要轻拿轻放。其次是防褪色。个别巴林石品种的褪色与巴林石的性质有关。高岭石（地开石）矿物结构疏松，孔隙较大，易于混入杂志，形成各种色彩石料，在光照和空气介质中易于流失或氧化，出现深色石料颜色变淡。特别是鸡血石中的“血“是汞的硫化物（HgS），在表生条件下，受温度变化，光照等影响，在H2O、CO2等参与下，易于氧化，形成汞的氧化矿物——澄红石，使其鲜艳的红色、粉色变成暗红、橙红、褐红直至褐色，造成“失血”现象，影响其观赏价值和工艺价值。一些人对这种现象大惊小怪，进行不必要的渲染。这种情况可以采取如下处理：对于“变血”严重的，可以用砂纸重新打磨，直到露出好的血色为止，然后重新封腊；血变轻微的，只要把鸡血石放在油中浸泡一段时间，血色就会复原，而且地子会更加透润。巴林鸡血石的这种变化，深受广大藏石爱好者喜爱，称此鸡血石为“活血”。
巴林石原石加工成雕件、印章或自然形后，应放到锦盒内，在温度不高、空气湿润处妥善保管。如摆放在橱柜里陈列，可在橱柜里放上几杯水，以确保空气湿润。平时可以用手反复侍弄，在尽情欣赏艺术品的同时，手的汗油留在石头上，可以为石头增加水份，久而久之，石头就会变得温润和古色古香。为了增加巴林石的光泽，人们常常在表面涂一层油。这里需要强调的是要注意养油的选择。不能用猪油、牛油等动物油脂，也不能用发乳、护发油等挥发性化学品。
这些不但不能起到保护的作用，相反会对石质产生破坏作用。保养有选择茶油，好的茶油经过沉淀，取上面白色透明部分；其次是花生油、芝麻油等植物油。已经上腊的巴林石不要涂油，因为涂油后容易导致石色泛黄变暗。第三要防止碰伤。巴林石硬度较低，刮碰后容易出现伤痕。放久了的巴林石工艺品，不可避免的要进行清污，这时要用棉花或西软的布轻轻擦抹，避免划伤。如需包装运输，则要慎重，做到轻拿轻放。高档巴林石作品的包装，首先要用脱脂棉或海绵把巴林石作品精心包缠好后装入塑料袋或锦盒，然后装入准备好的木箱内，用废纸等软材料塞满；的当作品用纸或塑料袋包好直接装入纸盒内即可。包装图章的锦盒尺寸必须按着图章尺寸制作，不能松动。箱外要注伤放水和不能倒置标记。