生物有机肥具有改善土壤生态环境及改善土壤微生物区系的作用，在减少植物病虫害发生万面发挥着更为重要的作用。这是因为在生物有机肥中含有多种特效菌，在微生物的生长繁殖过程中，能分泌出多种抗生素及植物生长激素，不但能抵制植物病源微生物的活动，起到防止植物病害的作用，而且能刺激作物的生长，使其根系发达，促进叶绿素、蛋自质和核酸的合成，提高植物的抗逆性。据研究，利用畜牧业废弃物质研制的生物有机肥对番茄青枯病有明显的控制作用，在连作地对照地块番茄青枯病的发生率100%的情况下，腐熟的生物有机肥处理番茄平均发病率仅46%。统计分析表明，施用生物有机肥显著地降低了番茄青枯病的发生率。
