麦哲伦企鹅是群居性动物，经常栖息在一些近海的小岛，它们尤其喜爱选择茂密的草丛或灌木丛中坐窝，以躲避鸟类天敌的捕杀。此外，在某些气候较为干燥，植被并不茂盛的地带，如果地质较为松软，麦哲伦企鹅也会挖洞坐窝。
麦哲伦企鹅它们可直接饮用海水，并通过体腺将海水的盐分排除体外。在捕食上它们没有特殊的偏好，捕食鱼、虾和甲壳类动物。在饲养小企鹅期间，除了猎物严重匮乏的福克兰群岛附近，成年企鹅的捕食会非常规律的每天进行一次，在白天进行，一般潜水不超过50米，少数情况下，也偶尔达到100米的深度。
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