大棚蔬菜冲施鸡粪是一种好事，因为鸡粪作为一种基肥，更是一种很好的冲施肥，在增加蔬菜产量，提高蔬菜品质方面一点也不比商品冲施肥差。尤其是在夏季，因鸡粪冲施起来比较方便，因而被菜农广泛采用。但进入秋季后，天气开始转凉，大棚夜间开始逐渐转入以保温为主的管理阶段，关棚时间延长，而密棚状态过长，常引起有害气体积累。所以，此期内菜农若想继续冲施鸡粪，一定要注意小心谨慎，以免对蔬菜造成危害。
首先鸡粪在使用前要注意充分腐熟。秋季气温开始降低，买来鸡粪后腐熟发酵的时间应比夏季稍长一些，一般秋季需发酵30天以上方可彻底腐熟，冲施时切不可用量过大，也要避免未经过完全腐熟的鸡粪冲入棚内后造成蔬菜烧根。另外，鸡粪在腐熟的过程中产生的高温还能把土壤中的蛴螬、蝼蛄等害虫杀死，若鸡粪未经过腐熟则有可能把这些害虫带入棚内，为害蔬菜。一般经过充分腐熟的鸡粪外观为黑褐色，氨味较轻，未腐熟的鸡粪外观为黄褐色，有强烈的臭味、氨味。
其次是鸡粪冲施后应保持棚内通风良好。秋季夜间气温较低，为保证棚内温度不降低，菜农常在夜间关闭大棚放风口保温。而此期内若冲施鸡粪，其在土壤中腐熟时产生的氨气很容易在夜间积累熏坏蔬菜。因此，秋季冲施鸡粪后数天内，应保持棚内通风状况良好，夜间在无低温时注意大棚放风口不要关得太严，以免夜间棚内积聚的氨气散发不出去致使蔬菜受到伤害。
再是施用时应注意与生物菌肥的配合使用。即使是腐熟的鸡粪，也不可避免地含有一些有害物质，冲入土壤后，会对蔬菜造成危害。而配合适量的生物肥后，其生物肥中的生物菌会把这些有害物质分解。生物肥还有改良土壤结构，增加土壤肥力，提高蔬菜品质，抑制土传病害的作用，如与鸡粪配合使用，会效果倍增。更简单有效的办法可以喷施em种植菌液，其中的生物活性菌分解土壤和肥料中的残留大分子有机物和有害物质，转化为植物容易吸收的营养物质，防止有害气体的产生，促进鸡粪发挥肥效。使用益富源种植菌液稀释倍灌根或喷洒叶面追肥，在分解农家鸡粪肥改良土壤提提高土壤肥力的同时可以促进光合作用，是蔬菜作物生长更加肥壮。
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