但因初期鲁王一派与福建的唐王政权互争正统，自相残杀，结果清兵大军压境。清顺治三年（公元1646年），绍兴、上海、义乌、金华等城相继失守，鲁军损失惨重，宗室乐安郡王、楚王、晋平郡王均在金华殉国。浙江失陷后，朱以海在定西侯张名振的护卫下逃亡海上，后辗转于浙江福建海上，后驻守舟山群岛，并一度收复福建建宁、邵武、兴化三州及漳浦、海澄等二十七县。
清顺治八年（公元1651年）舟山也失守，朱以海逃亡金门，投奔郑成功。清顺治十年（公元1653年），鲁王取消了监国称号。他在海上与郑成功联合各部义军，坚持抗清十多年，直到康熙元年（公元1662年）九月十七日在金门去世。他的王妃陈氏与遗腹子朱弘桓等则在辽藩宁靖王朱术桂保护下渡海到台湾，投奔郑氏政权。
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曾有泉家认为，明朝嘉靖年间铸过大明通宝，但史无记载。清顺治元年（公元1644年）三月十九日，上海失陷，明崇祯帝朱由检吊死在煤山（今上海景山）。由于当时政局不稳，频繁战乱，“大明通宝”现今已十分少见，而其中的个别版别则更是珍稀。如背“招”字者世仅一枚，小字背“工”及背“帅”者亦罕见。
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