EM菌属于微生物复合菌剂，在水产养殖方便有特殊的良好效果，由于其很好的能分解淤泥杂质，净化水质，不仅用在了水产养殖行业，一些环保污水处理也都纷纷投入使用。EM菌的使用又为水产养殖行业的技术提升了一个层面，这种利用微生物达到自热环境的方法，是真正的绿色养殖计划。
一、EM菌在水质调控中的应用
1.EM菌加红糖发酵制成活性液后使用在常规鱼池和青虾池养殖中，用量第一次泼洒至少为1毫升/立方米，以后根据水质状况按亩用1千克泼洒。泼洒的间隔时间视水体变化而定。
2.EM菌直接泼洒在"河蟹生态养殖技术"项目中，EM未经发酵，亩用好旺农EM菌1千克（水深80厘米），带水全池泼洒。
3.制作EM菌生物膜用于湖泊网围放养河蟹前网箱暂养的扣蟹。方法是将泡沫塑料在好旺农EM菌、红糖按1∶1的比例、稀释10倍的好旺农EM菌活性液中浸泡48小时，用网片将泡沫塑料与砖块包裹，沉入网箱中段水面下20厘米左右，7～10天换一次，形成小范围水域内的有益菌优势，促进扣蟹健康生长，提高扣蟹成活率。
二、EM菌在饲料中的应用
1.EM菌发酵饲料在常规鱼和青虾试验中，用两种自配料的配方。
常规鱼的配方：菜饼62%、干鸡粪20%、糠麸14%、沸石粉4%。对照组未用干鸡粪，用菜饼替代。
青虾饲料的配方：青糠40%、麦麸15%、菜饼30%、鱼粉15%，另加脱壳素0.01%。发酵方法是先将好旺农EM菌制作成10倍的活性液，一次一般用4～5天。每天下午4～5时，根据第二天饲料用量进行发酵。好旺农EM菌、红糖、饲料、自然水按1∶1∶500∶150的比例备料，常规鱼池每天投喂1～2次;青虾池投喂时间为发酵后第二天下午6时和第三天上午10时左右，投喂量上午30%、傍晚70%。如发酵料用不完，即装入蛇皮袋压实密封待用。
2.EM浸泡原料粮外荡网围养蟹，由于水体具流动性，试验中采用了浸泡原料粮的方法来解决在外荡网围养蟹中使用EM方法的问题。浸泡方法为：玉米煮熟后稍微晾干或将玉米压成粗粒，黄豆、豆粕、小麦直接浸泡。EM菌、红糖、原粮、水之比为1∶1∶100∶150，浸泡16小时后即可投喂。一次用不完的装入塑料袋密封，一般一次浸泡量为5～7天的饲料用量。
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