随着人民生活水平的日益提高，消费者对肉类产品的要求越来越高。市场的供给关系已经从满足型向健康型和风味型过渡。尤其是我国加入WTO以后，国内的消费目光正向欧盟等世贸组织看齐，药物残留、抗生素超标已经成为国内消费群问题，EM菌以其天然、无毒、无副作用、无残留，安全可靠，不污染环境的优越性而受到世人关注，近几年来，随着畜牧业的迅猛发展，EM菌在畜牧业中的应用也越来越广泛。
EM菌的作用及原理:
1.预防仔猪肠道疾病，促进生长。早期断奶仔猪因胃肠道发育不健全,难以适应断奶后包括环境、饲料、心理等方面的变化，导致胃肠道原来稳定的微生物区系间的平衡被打破，引起仔猪严重腹泻，死亡率上升。它是仔猪常见也是控制的疾病之一。在做好保温、通风、防疫等工作的同时，在日粮中适当添加ＥＭ菌，提高仔猪机体的抵抗力是十分重要的。ＥＭ菌进入消化道后，迅速增殖，大量消耗肠道内氧气，使致病需氧菌和兼氧菌大幅度下降，有效控制肠道的微生物区系，维持肠道菌群平衡，大量产生乳酸菌，降低肠道PH值，有效防治大肠杆菌和沙门氏菌，从而有利于仔猪的生长发育。
2.提供营养、防治疾病。许多菌体本身就含有大量的营养物质，这些微生物被添加到饲料中，可作为营养物质被动物摄取利用，从而促进动物生长，增强体质，提高抗病力。一些微生物在发酵或代谢过程中会产生生长素等生理活性物质，有助于食物消化和营养吸收，促进代谢；通过提高某些酵的活性或降低某些酶的活性，改变有害微生物的代谢，而不利于其生长；通过提高抗体水平或提高巨噬细胞的活性，刺激免疫系统能力增强。一些微生物可产生药理活性物质，直接调节微生物区系，抑制病原菌，控制病害发生。这些微生物都是有益菌，它们与家禽肠道内有益菌一起形成强有力的优势种群，大量增殖；通过竞争机制使有害菌的增殖受到抑制。
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3.提高饲料转化率。许多微生物可产生淀粉酶、脂肪酶和蛋白酶等消化酶，通过酵解淀粉、粗蛋白质等复杂大分子有机物使之在一定程度上被降解为易消化吸收的单糖、双糖和氨基酸等小分子物质，有利于蛋白质、脂肪、糖的代谢吸收；由于肠道的酸化，有利于铁，钙及维生素D的吸收；另外，由于喂用ＥＭ菌可使畜禽体内的微生态平衡发生变化，不同功能的微生物在体内生长代谢旺盛，可以明显加强畜禽体内对饲料中各种营养的吸收，从而提高饲料的转化率。
4.改善肉质肉色，成为保健食品。EM菌富含大量的活性乳酸菌、酵母菌、芽孢杆菌、双歧杆菌等多种菌属，它们之间互相协同，保持一种动态平衡。进入动物机体后，可在动物体内产生各种消化酶和维生素，依靠这些发酵活性产物合成许多生物活性物质，参与能量和维生素代谢，从而促进机体的消化吸收，提高对饲料中能量、蛋白、氨基酸等的利用率，加强动物体内的营养代谢。长期使用，机体代谢好，消化利用高；肉的品质、结构有了改变，肉的胆固醇含量降低，氨基酸、微量元素的含量提高，脂肪含量降低，肉质鲜嫩，肉质得到明显改善。
5．降解氨氮，改善养殖环境。ＥＭ菌含有大量纤维素分解菌、半纤维素分解菌、固氮菌、乳酸菌，这些微生物与畜禽肠道内的有益菌相互协同，能有效增强肠的活动功能，从而提高蛋白质的利用率。同时，EM及肠内原来有益菌的大量增殖，势必会抑制大肠杆菌的活动，从而减少蛋白质向氨和胺的转化，使肠内及血液中氨的浓度下降，减少随粪便排出的氨量，使粪便变得干燥、不臭，降低氨氮含量，可减少甚至杜绝蚊蝇的产生，从而减少了疾病的传播途径、传播媒介。
当前生产绿色食品和加强环境保护成为人们关注的热点，畜牧业是人类赖以生存和发展的基础产业，ＥＭ菌的产生和发展顺应了当前高新技术产业化和注重环境的主流，很好地解决了当前生产和应用中的问题，它在畜禽养殖中的应用必将越来越广泛，发展前景看好。
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