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化石公元前400 年亚里士多德就证明化石是由有机物形成的,但是化石之被嵌埋在岩石中是由于地球内部的神秘的塑性力作用的结果。他的一个学生狄奥佛拉斯塔(Theophrastus)(约公元前350 年)也提出了化石代表某些生命形式,但是他认为化石是由埋植在岩石中的种子和卵发展而成的。斯特拉波(Strabo)(约公元前63 年到公元20 年)注意到海生化石在海平面之上的存在,正确地推断,含有该类化石的岩石曾受到很大的抬升。
在中世纪的黑暗时代,人们对化石有各种各样的解释,人们或者解释为自然界的奇特现象,或者解释为是魔鬼的特别的创造和设计以便来迷惑人。这些迷信以及宗教权威们的反对,妨碍了化石研究达数百年。大约在15 世纪初,化石的真正起源被普遍接受了。人们懂得了化石是史前生物的残体,但仍然认为是基督教圣经上所记载的大洪水的遗迹。科学家与神学家的争论大约持续了300 年。