桶装水生产中菌落总数超标主要由以下几种原因：
1、用于桶装水杀菌的消毒剂杀菌力度不够，目前桶装水生产厂家多数会选用臭氧进行杀菌，而我们都知道，臭氧杀菌只是“点”杀菌，没有后期抑菌功效，且只能杀灭普通的一些细菌，对于真菌类的（如霉菌、酵母菌）杀菌力度还是不够的。在矿泉水中，臭氧的使用量还需要定量控制，以防用量过多造成溴酸盐超标的问题。目前，有一种新型桶装水杀菌剂，能有效替代臭氧杀菌，其以食品级过氧化氢和活性胶质银离子为基础，在杀菌的同时可以长效抑菌。使得桶装水的保质期延长至16个月-18个月。制出的桶装水可以轻松通过质检局检测，能够有效防止菌落总数、霉菌、酵母菌超标的问题，防止桶装水长出白色絮状物或者漂浮物。其无味无毒无残留的且用量极低，使用成本也低，是很多水厂理想的杀菌消毒产品。
2、桶装水生产管道因长期使用，管道内壁生长藻类及微生物积累形成的生物膜，使得制出的水在经过管道的时候，受到二次污染，好的改善措施是：定期对管道进行清洗消毒，去除管道内壁的生物膜，净化藻类。
3、反渗透膜因长期使用，膜上有可能因附着有藻类、生物膜等，过滤性能大打折扣，使得制出的纯净水本身就不“纯净”。好的改善措施是：定期将膜拆卸下来彻底清洗消毒。基本上每个季度清洗消毒一次即可。需选用对膜没有任何损伤的消毒剂进行浸泡消毒。
4、灌装间因潮湿，在炎热的夏季，车间里面很容易滋生霉菌，如果灌装机不能完全密封，空气中的霉菌孢子很容易飘落在水中，导致水质污染。建议水厂可用清洗完管道或包装瓶的消毒液对灌装间的地面、墙壁进行冲洗消毒，坚持一段时间后，就能有效防止灌装间的霉菌滋生。
5、包装瓶/包装桶及瓶盖消毒不彻底造成水质污染，不管是新桶还是回收桶，都需要清洗消毒的，尤其是回收桶，彻底消毒更加重要，目前很多水厂使用的都是二氧化氯进行消毒，可以有效清除桶内壁的藻类细菌等微生物。建议水厂在消毒包装桶时，每隔1个月左右换一种消毒剂交替的对桶消毒，防止长期使用一种消毒剂造成细菌微生物的耐药性。诺福牌杀菌消毒剂，是一种无耐药性的杀菌消毒，建议水厂可选用此消毒剂定期对桶消毒。
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